ไฟแห่งสงครามที่ครุกกรุ่นกำลังจะโหมกระพือในอีกไม่นานนี้..เรื่องราว Mobile Suit Gundam SEED เกี่ยวกับสงครามระหว่าง เนเชอรัล และ โคออร์ดิเนเตอร์. โคออร์ดิเนตอร์ หรือ มนุษย์ที่ได้รับการตัดต่อพันธุกรรม ให้มีความสามารถสูงขึ้นกว่าปกติ ในขณะที่ เนเชอรัล หรือ มนุษย์ซึ่งเกิดตามแบบธรรมชาติ เริ่มมีความอิจฉาริษยาในความสามารถของพวกเขา ความอิจฉาริษยานั้นแปรเปลี่ยนเป็นความเกลียด และก่อให้เกิดกลุ่มผู้ต่อต้านโคออร์ดิเนเตอร์หรือ บลูคอสมอส (Blue Cosmos) เพราะเหตุนี้ เหล่าโคออร์ดิเนเตอร์จึงได้สร้างโคโลนี่ในอวกาศขึ้นมาเรียก แพลนท์ (PLANT : Productive Ally on Nexus Technology)