เพื่อแลกกับความปรารถนาของพวกเขาได้รับการต่อสู้นักเวทสาวในสถานที่ลับ แต่ ทามากิ Puella Magi Madoka Magica Side Story ได้ลืมสิ่งที่เธอปรารถนาไว้ เรื่องราวของหญิงสาวคนหนึ่งที่เริ่มค้นหาความปรารถนาที่สูญหายของเธอ